El reinado de Juana I en Aragón dio comienzo al fallecer su padre, ya que en la Corona de Castilla lo era desde el fallecimiento de Isabel en 1504, bajo la tutela de Fernando el Católico, por testamento de su mujer como reina propietaria, con un breve intervalo de control de su marido Felipe I, en 1506 (solo fue rey de Castilla, aunque no propietario, pero el protocolo oficial le consideró el primero y así se mantiene), para volver nuevamente a Fernando el Católico hasta su fallecimiento. Los aragoneses, en Cortes de 1518, no quisieron retirar el reconocimiento de Juana como reina (siendo primogénita tuvo jura en 1502), que lo era por derecho propio desde 1516, de manera que reconocieron a su hijo Carlos como corregnante con ella, aunque en la práctica el soberano fue Carlos. Juana falleció en su recogimiento de Tordesilas en 1555. Carlos consiguió ser coronado Emperador en Bolonia el año 1530, en un complejo proceso que había culminado inicialmente en 1519 con su elección y primera coronación en Aquisgrán. La titularidad de tantos territorios, además del compromiso imperial, le llevaron a organizar su administración perfeccionando el sistema polisinodial heredado de su abuelo Fernando el Católico. El gobierno de territorios extendidos por casi todo el planeta, obligó a este soberano a delegar su poder en sus familiares más próximos y en personas de su confianza; entre los primeros estuvieron su esposa Isabel y su hijo Felipe; no obstante, asistió personalmente a las Cortes generales (de toda la Corona e Aragón peninsular) de 1528, 1533, 1537 y 1542; en las últimas concedió el privilegio fundacional de la Universidad de Zaragoza como estudio general de todas las facultades. Las Cortes habidas en 1547 (en ellas se creó el cargo de Cronista de Aragón, designándose para él, en 1548, a Jerónimo Zurita), y las de1552-53 ya fueron presididas por el primogénito, el príncipe Felipe. La actividad política de esta monarquía universal estuvo condicionada por el desarrollo anterior, de modo que continuó la atención a los asuntos propios de sus territorios (Comuneros de Castilla, Germanías en Valencia, Germanías de Mallorca, Reforma luterana, Concilio de Trento, cuestión morisca en los reinos y territorios de la Península ibérica, de España o "Españas"), de la cuenca del Mediterráneo (conflictos con la Monarquía francesa, Romano Pontífice, norte de áfrica y con el Imperio otomano), del Norte (Monarquía inglesa), de América (tiempos de conquista y colonización) y de circumnavegación, conseguida por Juan Sebastián Elcano (1522). El mantenimiento del sistema iniciaba el principio de lo que sería más tarde la bancarrota en un momento importante de los orígenes del capitalismo. El Emperador abdicó en 1556, dividiendo sus territorios entre su hijo Felipe, rey de Nápoles y Sicilia desde 1554 (herencia hispana y lo relacionado con ella) y su hermano Fernando (ya rey de Bohemia y Hungría y soberano de la herencia austríaca, en quien recayó el Imperio como Fernando I, 1558-1564). En 1558 moría en el Monasterio de El Yuste (Extremadura).